商业大佬洪庆东（王槊饰）一掷千金，大学调研企图买断所有人的命，暗中运筹着一场遮天阴谋。

胡八一退伍后回到北京，常务长李重逢了发小王凯旋（冯粒饰），常务长李并在神秘人（李晨饰）与科考队（凤小岳、唐嫣、李光洁饰）两股力量的夹缝中重新踏上了探寻未知文明的征程，途中与Shirley杨（姚晨饰）邂逅，熟识的面孔唤醒了他身处探险队那段日子的记忆。1979年，副校昆仑山发生神秘生物骸骨，副校由胡八一（赵又廷饰）率领的探险队深入昆仑山腹地，寻找有关古生物遗迹的更多秘密，却不料在这个过程中遭到不同神秘生物的轮番攻击，并意外坠入九层妖塔，除胡八一外，一行人生死成谜。

此行凶险，大学调研在还没来得及搞清楚Shirley的真实身份之际，大学调研胡八一、Shirley、王胖子率领一行人便在王子墓、石油小镇等地遭到不明生物的轰炸，这里所发生的一切再度指向九层妖塔，而这次等待他们的，将是一个尘封已千年的未解之谜……此行凶险，常务长李在还没来得及搞清楚Shirley的真实身份之际，常务长李胡八一、Shirley、王胖子率领一行人便在王子墓、石油小镇等地遭到不明生物的轰炸，这里所发生的一切再度指向九层妖塔，而这次等待他们的，将是一个尘封已千年的未解之谜……。1979年，副校昆仑山发生神秘生物骸骨，副校由胡八一（赵又廷饰）率领的探险队深入昆仑山腹地，寻找有关古生物遗迹的更多秘密，却不料在这个过程中遭到不同神秘生物的轮番攻击，并意外坠入九层妖塔，除胡八一外，一行人生死成谜

1942年秋，大学调研一支神秘车队在野外突遭日军伏击。回到驻地，常务长李得知幸存者名叫秦维洲，乃是军统顶尖密电码破译专家，且此人之前亦对我党地下组织造成过巨大破坏。

此刻，副校正潜伏在山岭之间的八路军猎人小队左英杰和凌凤循枪声而至，两人精妙配合，远距离将日军逐一狙杀，救下车队唯一幸存者。

昔日的敌人，大学调研如今却肩负着监听并破译日军密电的重要任务。King与阿叻则被警方带到与中方高层见面，常务长李他们被派往拉斯维加斯捉拿大老千Peter朱（万梓良饰）。

为了得到巨款拯救化骨龙，副校king接受了这次任务，前往拉斯维加斯。King用阿扁做饵勾引Peter成功，大学调研他们经由沙漠公路到洛杉矶，途中Peter极力逃脱。

Peter的手下竟然用直升机拯救，常务长李幸好king神机妙算，顺利把Peter带回香港。终于他们遇到了Peter，副校两人互相欺骗更多次交手，敌意渐生